Apesar de ter vetado trechos da lei, o presidente manteve a previsão de acelerar o trâmite dos registros de agrotóxicos, que durarão no máximo dois anos contra uma média de duração anterior de oito anos.

A atribuição exclusiva do Ministério da Agricultura para inclusão de novos produtos no registro de um agrotóxico. O veto devolve o mesmo poder de reanálise ao Ibama e à Anvisa.

Veto ao artigo 28, que define o Ministério da Agricultura como "o coordenador do processo de reanálise dos agrotóxicos e poderá solicitar informações aos órgãos da saúde e do meio ambiente para complementar sua análise".

Na justificativa, Lula disse que o "veto visa impedir que a Agência Nacional de Vigilância Sanitária (Anvisa) e o Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis percam o protagonismo técnico nesse tipo de reanálise quando estiverem sendo avaliados riscos à saúde humana e ao meio ambiente".

Lula vetou o trecho do artigo 29 que prevê autorizações, pelo Ministério da Agricultura, para agrotóxicos enquanto seus processos de reanálise de risco não forem concluídos. Houve veto semelhante a outro trecho do artigo 30, que dava o mesmo poder ao Ibama, de conceder o registro antes do fim da reanálise.

Como motivo para vetar o trecho, o presidente apontou que "em que pese a boa intenção do legislador, a proposição legislativa é inconstitucional por colocar em risco os direitos à vida, à saúde e ao meio ambiente ecologicamente equilibrado". De acordo com o governo, a veto "visa evitar a exposição humana e ambiental aos agrotóxicos e aos produtos de controle ambiental cujos riscos ainda estejam em processo de reanálise".

Lula também barrou o trecho do artigo 41 que dispensava a exigência de aviso de "não reaproveitamento da embalagem". Segundo o governo isso poderia incentivar a "desinformação" sobre o produto.